A Capela de São Sebastião, também conhecida como Igreja da Misericórdia situa-se no ponto mais alto da vila, sendo uma construção simples, as suas origens remontam a 1571. No entanto, nada subsiste da sua construção original, tendo havido intervenções na capela logo nos inícios do século XVIII.
A história desta capela está intimamente ligada à história da própria Santa Casa da Misericórdia de Canha, pois sabemos que a Santa Casa foi instituída pelo Padre Manuel Rodrigues Penalva, prior da Igreja de Nossa Senhora da Oliveira, tendo por sede a Capela de invocação a São Sebastião, seu patrono.
Atendendo a uma das suas Sete Obras Corporais: Enterrar os mortos, a Santa Casa da Misericórdia de Canha, tem vindo a disponibilizar a Capela de São Sebastião para a prestação de serviços fúnebres.